Die Ausmalung der Kirche veranlassten sicherlich die Stiftsherren zu Karden.
Bis zur Veröffentlichung der Autobiographie von Heinrich Alken (1753 – 1827) im Jahre 2003 wurde angenommen, dass die Alfler Kirche in 1760 von dem Mayener Weißbinder und Maler Jakob Alken (1722 – 1774) ausgemalt worden sei.
Bis dahin war nur ein Abschnitt aus der „Geschichte meiner Familie zur Nachricht für meine Kinder“ bekannt. Hierin heißt es: „Als ich (Heinrich Alken , der Sohn) nun sieben Jahr alt wurde, musste ich mit meinen Eltern gehen um das kleine Kind, welches meine Mutter mitnahm, zu halten, wie ich denn zu Alfken (Alflen), Maisweg (Meiserich), Duikweiler (Dockweiler), und Ulmen, und Niederpreißig mit gewesen bin als Kindermagd …“. Hieraus schloss man, dass Jakob Alken/der Vater) die Kirche im Jahre 1760 ausgemalt hatte.
Im Jahre 2003 wurde nun die Autobiographie zum ersten Mal ganz veröffentlicht. Zwei weitere wichtige Abschnitte beweisen jetzt, dass nicht Jakob Alken, sondern die Söhne Heinrich und Joseph die Kirche im Jahre 1775 ausgemalt haben. In den Aufzeichnungen ist zu lesen: „…nun verlägte sich mein Vater aufs Bilder mahlen und vergulden, wozu ihn die Noth zwange, er kam auch ziemlich weit damit; er mahlte Kirchenfahnen, vergoldete Altäre und sofort, wie er denn 1760 zu Alflen drey Altäre vor und nach vergoldete …“
Vom Ausmalen der Kirche ist bis hierhin noch keine Rede. Erst 1775 reist Heinrich Alken mit seinem Bruder Joseph nach Alflen. „… ich und mein Bruder Arbeiteten was wir bekamen, wie wir denn die Kirche zu Alfken (Alflen) 1775 Gemahlt haben und die Orgel vergoldet haben.“
Bemerkenswert ist die Vermutung von Hermann Velte, der 1953 die ganze Ausmalung frei gelegt und wiederhergestellt hat: „die Ausmalung des Chores ist zarter und freier; die reiche Rankenmalerei läuft zierlicher aus als im Schiff. Sie ist vielleicht von anderer Hand.“ Diese Aussage würde mit der Autobiographie von Heinrich Alken übereinstimmen. Vielleicht finden sich in Kirchenbüchern noch alte Rechnungen aus dem Jahre 1775. Nach dem Zeitgeschmack wurde die Kirche im Barockstil ausgestattet und im Rokokostil ausgemalt. An der Decke des Schiffes malte Heinrich Alken Szenen aus dem Alten Testament bezogen auf die sieben Hl. Sakramente. Dazu noch vier ortsbezügliche Heiligen-darstellungen. Diese elf Gemälde sind von üppigen Ornamenteinfassungen umrahmt. Scheinarchitektur zeigt sich an den Wänden in Form von Pilaster und Säulen mit Rankenmalerei in Rokokomanier. Auch am Chorgewölbe ist Rankenmalerei (von Malerbruder Joseph?) zu sehen. Auf den Mittelflächen sind der Hl. Donatus, begleitet von den Hl. Ignatius und Franziskus Xaverius dargestellt.Das Chorgewölbe wurde in späterer Zeit, als der neugotische Stil in Mode kam, ganz zugestrichen.Die Temperamalerei vom Schiffsgewölbe bearbeitete ein Tüncher und Schreiner aus Cochem, nachdem der Kalkbewurf zum Teil heruntergefallen war, mit Ölfarbe.
1950 – 1954 restauriert Hermann Velte diese Malereien indem er vorsichtig diese Farbschicht abschabt. Alte Malereien werden wieder freigelegt auch die des Chores und die Scheinarchitektur an den Wänden. Die alte Barockausstattung wurde 1906 entfernt und u.a. durch neugotische helle Eichenaltäre ersetzt. Als die Kirche 1954 restauriert war, besorgte Pfarrer Koschel einen original barocken Hochaltar aus Poltersdorf: in der Mitte ein Altargemälde der Hl. Dreifaltigkeit, ganz oben die Statue dr Hl. Appolonia vom ehemaligen Hochaltar. Links und rechts zwei Statuen die Evangelisten darstellend. Die beiden schwebenden Putten sind ein Geschenk von Pastor Nikolaus Pötz (gebürtig aus Alflen). Die Seitenaltäre wurden nicht ersetzt. Vom ehemaligen rechten Seitenaltar ist die Holzfigur erhalten geblieben. An der linken Seite befindet sich eine Muttergottesstatue. Die flachrunde Ecknische aus Holz mit der anmutenden Figur des Hl. Erzengels Michael (mit Schwert und Waage) stammt aus der ursprünglichen Kirchen-ausstattung. Die Figur stand auf dem alten Schaldeckel der Holzkanzel. Pfarrer Koschel besorgte Barock – Beichtstühle aus der Pfarrkirche von Uersfeld. (was die Uersfelder heute bedauern). Die kirchliche Einrichtung und die Statuen wurden von namhaften Restauratoren überarbeitet, neu vergoldet und bemalt.
Literatur. 1. Ernst Wackenroder – Die Kunstdenkmäler des Landkreises Cochem, Teil I
2. Arbeitsgemeinschaft Chronik Grundschule Alflen, Hedwig Lülsdorf – Kirche
3. Heinrich Alken – Geschichte meiner Familie zur Nachricht für meine Kinder
4. Hans-Helmut Wegner – Der Martberg bei Pommern an der Mosel
5. Winfried Schorre, Christa Becker – Burg Bischofstein an der Mosel